geometry-optimizer
Installation
SKILL.md
Geometry Optimizer
geometry-optimizer 是一个用于 分子三维几何结构优化 的化学类 skill。
它基于 GFN-xTB 半经验量子化学方法，对用户提供的分子初始结构进行快速、可落地的本地优化，输出优化后的坐标、能量、收敛状态等结果。
核心功能
- ✅ SMILES → 3D → 优化：自动从 SMILES 生成初始 3D 构象并进行 xTB 优化
- ✅ XYZ 文件输入：直接对已有 3D 坐标文件进行优化
- ✅ GFN2-xTB 方法：默认使用高精度的 GFN2-xTB 半经验方法
- ✅ 完整结果输出：优化后坐标、最终能量、梯度、收敛状态、日志文件
- ✅ 批量处理：支持 JSON 批量输入，多分子连续优化
适用场景
Related skills
More from internscience/chemclaw
molecular_properties_predictor
预测小分子多种物化性质（沸点、折射率、密度、黏度、表面张力等），当前已真实接入 bamboo_mixer 单分子物性模型后端。
14literature-parsing
将 PDF 文献转换为 Markdown 文件，并提取所有图表图片。使用 MinerU (opendatalab) 进行工业级高质量解析。
14reaction-data-extraction
从 PDF 文献中提取化学反应数据，特别是反应条件优化信息。支持提取反应物、产物、催化剂、溶剂、温度、时间、产率等，并输出结构化 CSV 文件。使用 MinerU + NLP + 规则匹配进行精确提取。
14mineru-pdf-converter
|
13adme-prediction
ADME 性质预测工具。预测分子的吸收、分布、代谢、排泄性质，包括 Caco-2 通透性、PAMPA、HIA、Pgp 抑制、生物利用度、亲脂性等。使用 Morgan 指纹 + Random Forest/XGBoost。当用户提到 ADME 预测、药物性质、通透性、吸收、代谢等时触发。
13nmr-prediction
Predict liquid-phase ¹H and ¹³C NMR chemical shifts from a SMILES string using NMRNet (deep learning, SE(3)-Transformer). Outputs per-atom shift values (ppm) and Lorentzian-broadened spectrum PNG files.
13