gjf-to-xyz
Installation
SKILL.md
GJF to XYZ Converter
Convert Gaussian gjf files to XYZ format. Supports single file conversion and batch processing.
Quick Start
Command Line
# Single file conversion
python scripts/gjf2xyz.py input.gjf
# Specify output file
python scripts/gjf2xyz.py input.gjf -o output.xyz
# Batch conversion
python scripts/gjf2xyz.py ./gjf_directory/ -o ./xyz_directory/
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