mol-3d-viewer
Installation
SKILL.md
Molecular 3D Viewer
将 SMILES 字符串或化学名称转换为分子 3D 结构,支持生成 SDF 文件、3D 分子图片和 可交互 HTML 网页(可用鼠标旋转观察)。
触发条件
- 用户提供 SMILES 并要求 3D 可视化
- 提到"3D 分子"、"分子 3D"、"3D 结构"
- 说"3D visualization"、"rotate molecule"、"交互分子"
- 要求生成可旋转的分子模型
- 提供分子文件(SDF、MOL、PDB 等)
功能
- ✅ SMILES → 3D 分子结构
- ✅ IUPAC 名称 → 3D 结构(自动通过 OPSIN 转 SMILES)
- ✅ 分子文件支持 - SDF、MOL、PDB 格式
- ✅ 3D 优化 - 使用 RDKit MMFF94 力场优化几何结构
- ✅ SDF 文件输出 - 标准分子结构文件格式
Related skills
More from internscience/chemclaw
molecular_properties_predictor
预测小分子多种物化性质(沸点、折射率、密度、黏度、表面张力等),当前已真实接入 bamboo_mixer 单分子物性模型后端。
14literature-parsing
将 PDF 文献转换为 Markdown 文件,并提取所有图表图片。使用 MinerU (opendatalab) 进行工业级高质量解析。
14reaction-data-extraction
从 PDF 文献中提取化学反应数据,特别是反应条件优化信息。支持提取反应物、产物、催化剂、溶剂、温度、时间、产率等,并输出结构化 CSV 文件。使用 MinerU + NLP + 规则匹配进行精确提取。
14mineru-pdf-converter
|
13adme-prediction
ADME 性质预测工具。预测分子的吸收、分布、代谢、排泄性质,包括 Caco-2 通透性、PAMPA、HIA、Pgp 抑制、生物利用度、亲脂性等。使用 Morgan 指纹 + Random Forest/XGBoost。当用户提到 ADME 预测、药物性质、通透性、吸收、代谢等时触发。
13nmr-prediction
Predict liquid-phase ¹H and ¹³C NMR chemical shifts from a SMILES string using NMRNet (deep learning, SE(3)-Transformer). Outputs per-atom shift values (ppm) and Lorentzian-broadened spectrum PNG files.
13