DeepFRI 昇腾 NPU 迁移 Skill

项目概述

DeepFRI 是一个基于 GCN + LSTM 语言模型的蛋白质功能预测框架，原始实现基于 TensorFlow/Keras。本 Skill 记录将其完整迁移到 PyTorch + 昇腾 NPU 的全过程。

模型架构：

• DeepCNN：16 路并行 Conv1D → BatchNorm → ReLU → GlobalMaxPool → FuncPredictor
• DeepFRI GCN：LSTM LM → Embedding → 3×MultiGraphConv → SumPool → Dense → FuncPredictor
• LSTM 语言模型：2 层 CuDNNLSTM（hidden=512），输出拼接为 1024 维特征

支持的 Ontology：MF（分子功能）、BP（生物过程）、CC（细胞组分）、EC（酶分类）

前置条件