单细胞亚群注释与文献报告技能

Overview

这个技能用于在已经完成 Seurat 分析（特别是 FindAllMarkers 或 FindMarkers）的单细胞转录组数据基础上，结合文献检索 MCP 工具（如 PubMed / OpenAlex），为每个 cluster/亚群给出：

• 两个层级的细胞类型注释：
  • major 注释：若干生物学大类（如 EpC、TC、MP、T、EC、FC、SMC、NR、EE、B、PC、其他免疫细胞等）
  • minor 注释：精细到具体亚型的细胞名称（如 EpC_goblet_precursor、Macrophage_inflammatory_resident）
• 一份结构化 Markdown 报告：
  • 部分 1：R 中可直接使用的 recode 注释代码（major / minor 两套）
  • 部分 2：每个 cluster 注释的文献依据说明，包括引用的论文、PMID/DOI、期刊与年份，以及“哪一段文字/哪张图/哪张表支持该解释”。

适用典型场景：

• 已有 Seurat 对象和 FindAllMarkers 结果，想要系统、可追溯地完成细胞类型注释
• 希望在论文或报告中同时呈现「注释代码 + 注释依据」的一体化说明
• 需要在不同项目之间复用统一的注释风格与输出格式