MD Vibrational Spectra Simulation Skill

When to use this

Use this skill when the user has an MD trajectory and wants:

• Power spectrum — velocity autocorrelation（仅需速度）
• IR spectrum — dipole moment autocorrelation（需偶极矩，见 MLatom 文档）

Inputs

• h5md file — coords + velocities（IR 时需含 dipole，如 AIQM1/MNDO 轨迹）
• xyz + vxyz — coordinates and velocities（IR 时另需 --dp 偶极档）
• SMILES or xyz — 可 --run-md 先跑 GFN2-xTB MD

Outputs

• /tmp/chemclaw/power_spectrum.png — power spectrum（--spectrum ps）
• /tmp/chemclaw/ir_spectrum.png — IR spectrum（--spectrum ir，需轨迹含 dipole）

Theory

• Power spectrum: 速度自相关的傅立叶变换
• IR spectrum: 偶极矩自相关的傅立叶变换（需 dipole moments）