Bio-Reproducer

何时使用

在项目工作区内使用本 skill 复现生物信息学论文，提供分阶段报告、数据清单、异步长时间命令和最终验证报告。不要用于快速工具查找或通用生物信息学建议。

核心协议

文件系统即状态机。repro-data/execution_log.md 是状态日志。通过读取文件恢复状态，而非依赖聊天记忆。

1. 确保 repro-data/ 存在，所有复现状态均在其中操作。
2. 仅在 repro-data/ 内初始化 Git（当 .git/ 不存在时）。
3. 确保 reproduction_options.md 在 Phase 1 之前存在。此文件锁定全局选项，后续 agent 必须读取且不得擅自更改。
4. 读取 execution_log.md，然后检查 .task_status/ 中的已提交异步任务，再开始新工作。
5. 加载当前阶段的参考文件。
6. 读取当前阶段所需的所有已完成前置阶段的输出。

小型临时文件可使用 /tmp/。复现数据、下载、Nextflow 工作目录和结果必须存放在 repro-data/ 下，或用户明确批准的数据/临时目录中。